El 23 de marzo de 1903, Oswaldo Cruz toma posesión de su primer mandato como director general de la Dirección General de Salud Pública, y entre sus planes prioritarios para la erradicación de la fiebre amarilla. Para tanto, Oswaldo Cruz instruyó a los investigadores del entonces Instituto Soroterápico de Manguinhos  a realizar el estudio de la patología de la fiebre amarilla y su diagnóstico necroscópico. Después de la necropsia, los órganos principales con alteración deberían ser preservados por el método de Kaiserling y se recogieron al  Museu do Instituto Soroterápico de Manguinhos.

Decreto n. 17.512, del 5 de noviembre de 1926, muestra la nueva regulación de la expansión de los objetivos y funciones del Instituto Oswaldo Cruz (IOC), especificando en las secciones científicas los estándares para la organización, almacenamiento y control de las Colecciones Científicas y la organización de  museos. La Sección de Anatomía Patológica, una de las secciones  pioneras  de Manguinhos, fue la responsable del mantenimiento del Museo de la Patología. El artículo 16 del Reglamento proporciona además: "el servicio de patología y cirugía está destinado al diagnóstico de piezas quirúrgicas  enviadas al Instituto y servirá también para el desarrollo futuro del Museo". El artículo 17 tiene por objeto establecer los procedimientos para el mantenimiento y conservación del Museo de Anatomía Patológica. Este artículo establece que los resultados y la investigación de autopsias presentada en forma periódica y cuidadosamente, una tarea que debería ser completada por el Museo a través de la catalogación de las piezas anatómicas estudiadas. El artículo 18 trataba especialmente de la obligatoriedad de la organización de una Colección de preparados de  histología normal y patológica, de embriología  comparada y de embriología humana.

El Reglamento de 1931 traduciría claramente el papel relevante de las Colecciones en la trayectoria científica e institucional del IOC. Entre las secciones auxiliares del Instituto está el Museo con sus tareas organizadas y definidas destinadas a por la custodia y conservación del patrimonio construido a través de la investigación científica. En cuanto al papel de los profesionales vinculados al Museo, les cabría a éstos, además de las tareas antes mencionadas, otras, como la organización de los catálogos de exposiciones y el movimiento contable de todo el material entrante y saliente.

Esta vía de la formación de las Colecciones Científicas del IOC, que se evidencia en los Reglamentos, demuestra la búsqueda de la calificación de las investigaciones mediante la construcción e institucionalización de su patrimonio científico como un medio eficaz para garantizar una verdadera autonomía que permitió el logro, la consolidación y la expansión de las investigaciones, que hicieron posible la realización de diversos campos científicos existentes hoy en la Fundación Oswaldo Cruz.

El Museo de Anatomía Patológica es un testigo, no solo "ocular", así como material, de todos los momentos vividos por la Institución, pues su propia colección fue el blanco de dispersión durante el período comprendido entre los años 1930 y 1970. En la década de 1990, las partes restantes del Museo de Patología pasaron a la custodia del Departamento de Patología (DEPAT) del  IOC. En 2007, después de un estudio llevado a cabo por el equipo de DEPAT acerca de las Colecciones que están bajo su cuidado, en función de su formación histórica y su misión institucional, se propuso la reunión de las tres Colecciones en el Museo de la Patología que se convierte así en abrigo de las  Colecciones Institucionales, que, además de raras e insustituibles, y forman parte, tanto del patrimonio histórico y científico, como también del cultural del País: