La colección de la Sección de Anatomía Patológica (CSAP), integrada actualmente por 854 piezas anatómicas, son los resultados de la labor de las grandes figuras de la ciencia nacional. Estas "contar" la historia temprana de la Patología (1903) y su desarrollo hasta la década de 1970, en Río de Janeiro, y las contribuciones de la Patología para la ciencia a nivel nacional e internacional. Aunque hubo una pérdida de materiales especialmente durante los años 1960 y 1970, las piezas anatómicas que quedan son el documento histórico real del trabajo de los renombrados patólogos de la Escuela de Manguinhos.