No dia 23 de março de 1903, Oswaldo Cruz toma posse para o seu primeiro mandato na Diretoria Geral de Saúde Pública, órgão que corresponde ao atual Ministério da Saúde, tendo entre os seus planos prioritários a erradicação da febre amarela. Para tanto, os pesquisadores do então Instituto Soroterápico de Manguinhos realizaram o estudo da anatomia patológica da febre amarela e de seu diagnóstico necroscópico. Após a necropsia, os principais órgãos com alteração deveriam ser recolhidos ao Museu do Instituto Soroterápico de Manguinhos, atual Museu da Patologia do Instituto Oswaldo Cruz.

A Seção de Anatomia Patológica, uma das seções pioneiras de Manguinhos, era responsável pela manutenção do Museu da Patologia: 1. os resultados dos trabalhos e pesquisas de autópsias deveriam ser regular e cuidadosamente protocolados; 2. a catalogação das peças anatômicas estudadas deveriam ser realizadas junto com a equipe do Museu; 3. garantir a guarda e a preservação do patrimônio construído pela pesquisa científica (Fonte: Decreto n. 17.512, de 5 de novembro de 1926).

Nas décadas de 1960 e 1970, o acervo do Museu da Patologia foi disperso em um expurgo político ocorrida no então Instituto Oswaldo Cruz (IOC), durante a ditadura militar brasileira, dez cientistas foram cassados, laboratórios fechados e as coleções científicas dissolvidas.

Nas décadas seguintes, pesquisadores e técnicos do Departamento de Patologia (DEPAT) trabalharam para reunir as coleções histopatológicas do Instituto Oswaldo Cruz sob sua guarda do Museu da Patologia.

Com essa decisão, o Museu passou a abrigar as seguintes Coleções Institucionais, que são raras, insubstituíveis e fazem parte importante do patrimônio histórico-científico e cultural do país: